The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 2 | 0 | 0 | --80:25:16 | 79:35:04 | -2.15 | 68.22 | -3.14 | 65.08 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 15 | 0 | 0 | --4:49:30 | 79:48:37 | -13.25 | 70.74 | -10.42 | 69.99 | -21.37 | 53.26 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 15 | 0 | 0 | --39:38:36 | 79:48:37 | 13.65 | 70.74 | 10.18 | 69.99 | 27.16 | 53.26 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 15 | 0 | 0 | --31:06:35 | 79:48:37 | -12.05 | 70.74 | -9.94 | 69.99 | -6.07 | 53.26 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 15 | 0 | 0 | --2:36:13 | 79:48:37 | -11.66 | 70.74 | -10.29 | 69.99 | -14.61 | 53.26 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 11 | 0 | 0 | --42:19:20 | 79:46:59 | 0.78 | 71.06 | 1.35 | 70.02 | -27.43 | 67.37 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 15 | 0 | 0 | --7:13:07 | 79:48:37 | -12.11 | 70.74 | -10.16 | 69.99 | -14.26 | 53.26 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 15 | 0 | 0 | --32:10:17 | 79:48:37 | -13.74 | 70.74 | -11.02 | 69.99 | 1.26 | 53.26 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 0 | 15 | 0 | 0 | --53:21:48 | 79:48:37 | -11.12 | 70.74 | -9.17 | 69.99 | 0.65 | 53.26 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 15 | 0 | 0 | --21:05:19 | 79:48:37 | -10.85 | 70.74 | -8.90 | 69.99 | -1.61 | 53.26 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 15 | 0 | 0 | --55:12:59 | 79:48:37 | -12.28 | 70.74 | -9.76 | 69.99 | -11.24 | 53.26 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 14 | 0 | 0 | --79:14:57 | 79:47:44 | 16.42 | 69.97 | 12.40 | 69.43 | 10.04 | 53.26 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 11 | 0 | 0 | --24:05:43 | 79:50:12 | 1.30 | 74.71 | 1.45 | 73.59 | 1.24 | 64.21 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 14 | 0 | 0 | --80:17:23 | 79:47:46 | 7.59 | 69.98 | 6.32 | 69.39 | 22.05 | 53.26 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 15 | 0 | 0 | --37:03:27 | 79:48:37 | 9.12 | 70.74 | 7.12 | 69.99 | 5.51 | 53.26 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 12 | 0 | 0 | --80:10:33 | 79:49:47 | 17.71 | 67.96 | 17.84 | 68.46 | 26.81 | 53.26 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 15 | 0 | 0 | --17:02:05 | 79:48:37 | 5.93 | 70.74 | 4.80 | 69.99 | 0.55 | 53.26 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 13 | 0 | 0 | --77:33:33 | 79:49:51 | 25.72 | 71.56 | 22.06 | 71.12 | 15.65 | 46.20 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 11 | 0 | 0 | --77:29:42 | 79:49:40 | 30.50 | 70.45 | 24.54 | 70.21 | 4.61 | 46.20 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 2 | 0 | 0 | --76:33:02 | 79:51:49 | -11.20 | 50.83 | -6.27 | 59.04 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 2 | 0 | 0 | --77:32:42 | 79:47:28 | 27.57 | 56.96 | 18.90 | 60.11 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 14 | 0 | 0 | --77:26:19 | 79:48:45 | 26.59 | 71.47 | 22.04 | 70.59 | 23.59 | 53.26 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 15 | 0 | 0 | --50:06:45 | 79:48:37 | 4.84 | 70.74 | 4.50 | 69.99 | -2.48 | 53.26 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 13 | 0 | 0 | --54:41:06 | 79:48:10 | 4.92 | 69.37 | 5.66 | 68.99 | -10.70 | 53.26 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 15 | 0 | 0 | --66:36:28 | 79:48:37 | -12.73 | 70.74 | -10.45 | 69.99 | -16.85 | 53.26 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 15 | 0 | 0 | --66:40:39 | 79:48:37 | -10.50 | 70.74 | -9.18 | 69.99 | 0.44 | 53.26 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 14 | 0 | 0 | --76:49:16 | 79:48:45 | 1.00 | 71.47 | 1.86 | 70.59 | -0.59 | 53.26 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 7 | 0 | 0 | --80:12:49 | 79:47:32 | -2.77 | 72.30 | 0.73 | 70.48 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |