The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | -53 | 3 | 0 | 0 | --31:31:46 | 31:23:12 | 2.35 | 88.03 | 1.98 | 82.62 | - | - | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -134 | 9 | 0 | 0 | --25:58:29 | 30:42:50 | 0.38 | 86.11 | 0.04 | 80.90 | -4.98 | 75.83 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -124 | 6 | 0 | 0 | -34:23:41 | 27:44:12 | 2.63 | 86.23 | 1.87 | 81.58 | 1.49 | 75.83 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server121 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SAIS-Fold | -56 | 9 | 0 | 0 | --9:49:20 | 30:42:50 | 1.97 | 86.11 | 1.51 | 80.90 | 0.86 | 75.83 | - | - | - | - | server136 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepSHFold | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server137 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -129 | 8 | 0 | 0 | --32:58:12 | 31:30:52 | 40.11 | 85.42 | 29.01 | 80.41 | 18.10 | 75.83 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -108 | 8 | 0 | 0 | --27:27:48 | 31:30:52 | 18.06 | 85.42 | 12.49 | 80.41 | 21.73 | 75.83 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -135 | 9 | 0 | 0 | --31:01:05 | 31:04:17 | 23.26 | 86.11 | 18.47 | 80.90 | 1.87 | 75.83 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -113 | 7 | 0 | 0 | --32:55:23 | 31:05:01 | 30.66 | 87.15 | 24.61 | 81.04 | 9.66 | 75.83 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -130 | 9 | 0 | 0 | -08:39:33 | 30:42:50 | 24.51 | 86.11 | 17.52 | 80.90 | 8.00 | 75.83 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -136 | 9 | 0 | 0 | --3:45:17 | 30:42:50 | 24.84 | 86.11 | 17.24 | 80.90 | 11.42 | 75.83 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -129 | 9 | 0 | 0 | --27:42:42 | 30:42:50 | 16.82 | 86.11 | 13.29 | 80.90 | 2.37 | 75.83 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -90 | 4 | 0 | 0 | --30:44:46 | 30:08:28 | 0.92 | 88.00 | 0.79 | 82.72 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |