The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 336 | 232 | 0 | 0 | -00:07:48 | 00:00:29 | -27.21 | 56.23 | -24.88 | 54.50 | -17.23 | 63.32 | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 515 | 87 | 0 | 0 | -71:49:23 | 00:00:26 | -18.55 | 61.71 | -17.57 | 59.17 | -16.42 | 62.88 | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 475 | 124 | 0 | 0 | -74:43:43 | 00:00:21 | -30.85 | 55.81 | -27.97 | 54.03 | -24.70 | 59.66 | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 516 | 86 | 0 | 0 | -20:26:37 | 00:00:27 | -13.13 | 61.92 | -13.46 | 59.35 | -11.13 | 61.66 | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -77 | 586 | 0 | 0 | -01:41:14 | 00:00:28 | -1.99 | 56.07 | -4.43 | 54.37 | -1.52 | 61.96 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -17 | 530 | 0 | 0 | -14:22:54 | 00:00:27 | -19.15 | 55.74 | -18.57 | 54.01 | -7.63 | 61.42 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -106 | 613 | 0 | 0 | -00:05:13 | 00:00:28 | -9.87 | 55.84 | -10.01 | 54.17 | -7.72 | 61.79 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 552 | 51 | 0 | 0 | -10:04:38 | 00:00:21 | -7.57 | 62.42 | -8.70 | 60.30 | -2.05 | 68.52 | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 614 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -98 | 599 | 0 | 0 | -46:01:58 | 00:00:28 | -10.28 | 55.95 | -10.58 | 54.30 | -7.36 | 62.09 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -63 | 572 | 0 | 0 | -57:31:42 | 00:00:27 | -12.12 | 55.47 | -12.44 | 53.86 | -8.08 | 62.41 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 92 | 448 | 0 | 0 | -03:12:36 | 00:00:27 | -1.17 | 54.81 | -3.06 | 53.39 | 2.00 | 61.87 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 180 | 372 | 0 | 0 | -03:11:29 | 00:00:26 | 2.64 | 54.09 | -0.09 | 52.71 | 5.73 | 60.64 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 476 | 105 | 0 | 0 | -03:28:28 | 00:00:25 | 0.03 | 51.84 | -2.26 | 51.17 | 1.35 | 67.41 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 439 | 130 | 0 | 0 | -03:36:20 | 00:00:25 | -3.10 | 51.86 | -4.40 | 51.27 | 3.50 | 62.62 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 104 | 433 | 0 | 0 | -03:15:21 | 00:00:27 | -0.42 | 55.45 | -2.42 | 53.91 | 2.49 | 62.41 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -37 | 552 | 0 | 0 | -32:56:09 | 00:00:27 | -12.84 | 55.46 | -13.11 | 53.88 | -9.36 | 61.39 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -65 | 572 | 0 | 0 | -26:42:19 | 00:00:27 | -13.26 | 55.53 | -13.47 | 53.89 | -9.89 | 61.49 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -39 | 549 | 0 | 0 | -04:35:56 | 00:00:27 | -16.54 | 56.00 | -16.16 | 54.32 | -11.77 | 62.64 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 201 | 345 | 0 | 0 | -00:07:01 | 00:00:29 | -27.06 | 56.01 | -24.52 | 54.37 | -18.96 | 60.81 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |