The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 0 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -13 | 2 | 0 | 0 | -72:16:37 | 04:24:51 | -3.10 | 62.03 | -4.23 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -13 | 2 | 0 | 0 | -37:05:40 | 04:24:51 | 9.27 | 62.03 | 5.11 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -13 | 2 | 0 | 0 | -44:33:58 | 04:24:51 | -3.06 | 62.03 | -4.90 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -13 | 2 | 0 | 0 | -74:03:15 | 04:24:51 | -3.61 | 62.03 | -5.49 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -9 | 1 | 0 | 0 | -18:03:00 | 02:01:11 | -4.15 | 37.78 | -3.78 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -13 | 2 | 0 | 0 | -68:21:08 | 04:24:51 | -3.61 | 62.03 | -5.49 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -75:26:58 | 04:24:51 | 11.20 | 62.03 | 6.27 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -13 | 2 | 0 | 0 | -43:37:12 | 04:24:51 | -4.79 | 62.03 | -5.86 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -20:55:16 | 04:24:51 | -2.76 | 62.03 | -4.58 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | -13 | 2 | 0 | 0 | -54:13:46 | 04:24:51 | -2.56 | 62.03 | -4.23 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | -13 | 2 | 0 | 0 | -20:36:57 | 04:24:51 | -2.98 | 62.03 | -4.70 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -12 | 2 | 0 | 0 | --4:13:16 | 04:24:51 | -0.46 | 62.03 | -2.33 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -9 | 1 | 0 | 0 | -19:36:39 | 02:01:11 | -3.20 | 37.78 | -5.09 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -12 | 2 | 0 | 0 | --5:38:08 | 04:24:51 | -3.24 | 62.03 | -4.07 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -33:30:22 | 04:24:51 | 4.71 | 62.03 | 4.12 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -10 | 2 | 0 | 0 | --5:35:29 | 04:24:51 | 1.48 | 62.03 | 0.99 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -54:07:14 | 04:24:51 | -0.46 | 62.03 | -0.82 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -11 | 1 | 0 | 0 | --2:17:21 | 02:01:11 | -2.11 | 37.78 | -0.86 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -9 | 1 | 0 | 0 | --1:46:00 | 02:01:11 | -2.41 | 37.78 | -1.92 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 0 | 1 | 0 | 0 | -02:12:36 | 02:01:11 | 0.00 | 37.78 | 0.00 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -12 | 1 | 0 | 0 | -00:29:39 | 02:01:11 | -2.11 | 37.78 | -0.86 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -13 | 2 | 0 | 0 | -20:21:45 | 04:24:51 | 0.77 | 62.03 | -2.24 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -11 | 2 | 0 | 0 | -18:18:44 | 04:24:51 | -0.95 | 62.03 | -0.87 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -13 | 2 | 0 | 0 | -10:45:25 | 04:24:51 | -3.46 | 62.03 | -5.44 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -13 | 2 | 0 | 0 | -20:11:22 | 04:24:51 | -2.64 | 62.03 | -4.59 | 65.30 | - | - | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 2 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -12 | 1 | 0 | 0 | --2:27:43 | 02:01:11 | -14.91 | 37.78 | -4.64 | 50.28 | - | - | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -5 | 1 | 0 | 0 | --7:11:45 | 06:48:30 | 9.89 | 86.28 | 10.63 | 80.32 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |