The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 13 | 1 | 0 | 0 | --49:18:41 | 48:41:39 | 2.37 | 89.63 | 2.44 | 83.43 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 6 | 0 | 0 | -27:42:55 | 48:55:12 | -1.35 | 85.82 | -0.74 | 81.27 | -1.12 | 77.61 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 6 | 0 | 0 | --8:32:01 | 48:55:12 | 32.41 | 85.82 | 26.04 | 81.27 | 51.52 | 77.61 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 6 | 0 | 0 | -29:29:38 | 48:55:12 | 1.14 | 85.82 | -0.01 | 81.27 | -0.68 | 77.61 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 4 | 5 | 0 | 0 | --11:12:50 | 48:53:29 | 21.06 | 86.82 | 16.46 | 81.68 | 0.27 | 95.07 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 0 | 6 | 0 | 0 | -24:06:32 | 48:55:12 | 0.54 | 85.82 | 0.16 | 81.27 | -0.72 | 77.61 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -30:53:25 | 48:55:12 | 9.04 | 85.82 | 8.94 | 81.27 | 13.39 | 77.61 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 6 | 0 | 0 | --1:03:42 | 48:55:12 | -0.74 | 85.82 | 0.00 | 81.27 | 0.17 | 77.61 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 0 | 6 | 0 | 0 | --22:15:13 | 48:55:12 | -0.51 | 85.82 | 0.11 | 81.27 | -1.31 | 77.61 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ManiFold | 0 | 6 | 0 | 0 | -09:58:44 | 48:55:12 | 0.83 | 85.82 | 0.78 | 81.27 | -0.50 | 77.61 | - | - | - | - | server129 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PAthreader | 0 | 6 | 0 | 0 | --24:06:24 | 48:55:12 | -0.04 | 85.82 | 0.32 | 81.27 | 0.26 | 77.61 | - | - | - | - | server130 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 5 | 0 | 0 | --48:08:25 | 48:54:16 | 46.68 | 85.48 | 35.41 | 81.08 | 37.40 | 77.61 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 5 | 0 | 0 | -06:59:07 | 48:56:48 | 11.08 | 85.06 | 8.90 | 80.84 | 14.63 | 77.61 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 6 | 0 | 0 | --49:10:58 | 48:54:11 | 40.34 | 85.82 | 32.95 | 81.27 | 31.54 | 77.61 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --7:56:52 | 48:55:12 | 33.17 | 85.82 | 26.61 | 81.27 | 5.98 | 77.61 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 4 | 0 | 0 | --49:03:57 | 48:56:23 | 61.58 | 85.11 | 54.98 | 81.23 | 39.80 | 77.61 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | -13:55:30 | 48:55:12 | 31.62 | 85.82 | 24.83 | 81.27 | 1.91 | 77.61 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 2 | 5 | 0 | 0 | --46:26:57 | 48:56:27 | 53.72 | 84.90 | 41.86 | 80.71 | 3.90 | 60.14 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 4 | 5 | 0 | 0 | --46:23:09 | 48:56:13 | 54.43 | 84.90 | 40.83 | 80.71 | 6.45 | 60.14 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 13 | 0 | 0 | 0 | --45:26:02 | 48:58:49 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 13 | 1 | 0 | 0 | --46:25:46 | 48:54:24 | 68.63 | 89.63 | 51.28 | 83.43 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 1 | 6 | 0 | 0 | --46:19:45 | 48:55:19 | 54.46 | 85.82 | 41.92 | 81.27 | 35.54 | 77.61 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 6 | 0 | 0 | --19:00:10 | 48:55:12 | 29.27 | 85.82 | 24.11 | 81.27 | 0.72 | 77.61 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 2 | 6 | 0 | 0 | --23:34:37 | 48:54:39 | 27.23 | 85.82 | 23.72 | 81.27 | -0.04 | 77.61 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 6 | 0 | 0 | --35:29:53 | 48:55:12 | -0.20 | 85.82 | -0.11 | 81.27 | -1.43 | 77.61 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 6 | 0 | 0 | --35:34:04 | 48:55:12 | -0.15 | 85.82 | -0.23 | 81.27 | -1.61 | 77.61 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server98 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 6 | 0 | 0 | --45:42:42 | 48:55:19 | 24.73 | 85.82 | 20.26 | 81.27 | 23.14 | 77.61 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 8 | 1 | 0 | 0 | --49:05:59 | 48:54:22 | 2.35 | 89.63 | 2.49 | 83.43 | - | - | - | - | - | - | server99 | False |
Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |