The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | -5 | 3 | 0 | 0 | --4:36:50 | 03:23:50 | -58.26 | 30.22 | -45.12 | 37.64 | -58.90 | 34.88 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -51 | 9 | 0 | 0 | -68:14:01 | 03:29:47 | -35.82 | 43.16 | -29.56 | 48.07 | -56.38 | 34.88 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -51 | 9 | 0 | 0 | -19:59:35 | 03:29:47 | -15.73 | 43.16 | -15.56 | 48.07 | -37.42 | 34.88 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -51 | 9 | 0 | 0 | -64:08:17 | 03:29:47 | -33.04 | 43.16 | -27.91 | 48.07 | -37.86 | 34.88 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -51 | 9 | 0 | 0 | -73:25:37 | 03:29:47 | -38.00 | 43.16 | -30.90 | 48.07 | -58.35 | 34.88 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | -46 | 9 | 0 | 0 | -16:12:32 | 03:29:47 | -33.14 | 43.16 | -26.57 | 48.07 | -57.45 | 34.88 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -49 | 9 | 0 | 0 | -71:48:10 | 03:29:47 | -38.00 | 43.16 | -30.90 | 48.07 | -58.35 | 34.88 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | -36 | 6 | 0 | 0 | -76:49:24 | 03:23:22 | -20.24 | 42.36 | -14.72 | 49.45 | -31.05 | 34.88 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -51 | 9 | 0 | 0 | -63:17:08 | 03:29:47 | -37.29 | 43.16 | -30.58 | 48.07 | -57.09 | 34.88 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | -35 | 9 | 0 | 0 | -62:43:02 | 03:29:47 | -37.44 | 43.16 | -30.54 | 48.07 | -58.47 | 34.88 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -50 | 9 | 0 | 0 | --3:32:37 | 03:29:47 | -3.82 | 43.16 | -2.08 | 48.07 | -50.92 | 34.88 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -47 | 8 | 0 | 0 | -00:10:30 | 03:37:42 | -23.42 | 45.93 | -20.63 | 50.06 | -34.50 | 34.88 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -50 | 9 | 0 | 0 | --4:30:09 | 03:31:41 | -12.08 | 43.16 | -8.50 | 48.07 | -58.62 | 34.88 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | -10 | 3 | 0 | 0 | -02:55:05 | 03:11:32 | -10.51 | 54.54 | -8.35 | 57.97 | - | - | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 9 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | -42 | 6 | 0 | 0 | -28:29:01 | 02:54:01 | -16.46 | 34.97 | -13.32 | 42.08 | - | - | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | -43 | 7 | 0 | 0 | --4:18:15 | 03:42:03 | 4.02 | 46.74 | 4.34 | 49.51 | -54.82 | 34.88 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | -46 | 8 | 0 | 0 | -40:06:08 | 03:23:23 | -19.33 | 40.32 | -16.88 | 45.97 | -57.05 | 34.88 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | -28 | 8 | 0 | 0 | --2:39:55 | 03:25:21 | 4.53 | 44.59 | 1.55 | 49.03 | - | - | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | -20 | 6 | 0 | 0 | --2:49:33 | 03:16:28 | 1.64 | 36.37 | 0.16 | 43.71 | - | - | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 2 | 5 | 0 | 0 | --1:12:20 | 03:26:28 | 4.05 | 39.44 | 4.01 | 46.02 | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | -28 | 8 | 0 | 0 | --1:11:04 | 03:13:49 | -2.22 | 38.43 | -3.40 | 44.72 | -58.22 | 34.88 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -51 | 9 | 0 | 0 | -20:16:19 | 03:29:47 | -19.00 | 43.16 | -15.85 | 48.07 | -56.14 | 34.88 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | -45 | 9 | 0 | 0 | -18:11:12 | 03:29:47 | -20.55 | 43.16 | -15.81 | 48.07 | -54.70 | 34.88 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | -46 | 8 | 0 | 0 | -16:43:12 | 03:13:49 | -41.27 | 38.43 | -33.36 | 44.72 | -58.87 | 34.88 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -51 | 9 | 0 | 0 | -28:39:42 | 03:29:47 | -37.48 | 43.16 | -30.67 | 48.07 | -57.67 | 34.88 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | -21 | 4 | 0 | 0 | -61:45:39 | 03:24:59 | -29.39 | 48.84 | -23.98 | 53.56 | -58.36 | 34.88 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -47 | 9 | 0 | 0 | --1:17:29 | 03:29:47 | -22.91 | 43.16 | -17.75 | 48.07 | -58.44 | 34.88 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | -13 | 4 | 0 | 0 | --4:22:16 | 03:38:09 | -48.63 | 39.14 | -37.61 | 44.44 | -57.89 | 34.88 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |