The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 26 | 7 | 6 | 0 | -00:46:12 | 00:12:02 | 3.17 | 85.95 | 1.28 | 79.64 | -1.05 | 39.65 | - | - | - | - | server100 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server104 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | 0 | 17 | 6 | 0 | -30:27:29 | 00:07:34 | -4.77 | 81.22 | -4.64 | 76.86 | -1.85 | 62.10 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 1 | 16 | 6 | 0 | -43:38:25 | 00:07:08 | 0.45 | 81.42 | -0.51 | 77.07 | -5.77 | 53.94 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server121 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server127 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SAIS-Fold | 13 | 9 | 6 | 0 | -56:10:39 | 00:06:41 | -2.20 | 83.08 | -2.46 | 78.91 | -5.58 | 82.94 | - | - | - | - | server136 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepSHFold | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server137 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 0 | 17 | 6 | 0 | -01:07:44 | 00:07:34 | 25.49 | 81.22 | 18.84 | 76.86 | 8.22 | 62.10 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 2 | 16 | 6 | 0 | -06:27:13 | 00:06:18 | 10.21 | 81.28 | 6.68 | 77.24 | 8.13 | 62.10 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server22 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 5 | 15 | 6 | 0 | --1:52:35 | 00:07:56 | 35.88 | 80.31 | 30.20 | 76.19 | 6.42 | 62.10 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 36 | 0 | 6 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 17 | 6 | 0 | -39:08:18 | 00:07:34 | 15.94 | 81.22 | 11.82 | 76.86 | 4.62 | 62.10 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 0 | 17 | 6 | 0 | -32:35:30 | 00:07:34 | 16.17 | 81.22 | 12.05 | 76.86 | 4.03 | 62.10 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 1 | 16 | 6 | 0 | -06:46:41 | 00:07:37 | 13.63 | 82.95 | 10.22 | 77.86 | 4.75 | 62.10 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 11 | 14 | 6 | 0 | -00:47:50 | 00:07:36 | 1.45 | 84.35 | 0.69 | 78.99 | -0.14 | 53.94 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |