The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 41 | 14 | 0 | 0 | --24:59:21 | 23:01:34 | 3.22 | 85.19 | 3.28 | 79.86 | -0.35 | 88.73 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 55 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | -5 | 55 | 0 | 0 | -45:32:29 | 27:11:55 | -2.74 | 83.93 | -2.49 | 79.56 | 0.32 | 88.39 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | -5 | 55 | 0 | 0 | -04:49:57 | 27:11:55 | 22.40 | 83.93 | 16.29 | 79.56 | 27.87 | 88.39 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex | -5 | 55 | 0 | 0 | -40:51:32 | 27:11:55 | 3.38 | 83.93 | 2.27 | 79.56 | 7.18 | 88.39 | - | - | - | - | server111 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | -5 | 55 | 0 | 0 | -49:32:54 | 27:11:55 | -3.01 | 83.93 | -2.83 | 79.56 | 0.08 | 88.39 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 55 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | -3 | 53 | 0 | 0 | -43:28:03 | 27:20:50 | -2.99 | 83.69 | -2.63 | 79.39 | 2.69 | 88.39 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 10 | 41 | 0 | 0 | -52:27:06 | 28:19:46 | 24.43 | 81.93 | 13.68 | 78.14 | 31.45 | 87.85 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | -5 | 55 | 0 | 0 | -40:30:41 | 27:11:55 | -2.43 | 83.93 | -2.44 | 79.56 | 1.36 | 88.39 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 11 | 39 | 0 | 0 | -36:52:38 | 26:44:47 | -3.53 | 82.91 | -3.09 | 79.05 | 0.30 | 88.63 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | -4 | 54 | 0 | 0 | --26:14:30 | 27:18:08 | 29.15 | 84.54 | 23.49 | 79.98 | 28.02 | 88.39 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | -1 | 53 | 0 | 0 | --16:12:21 | 26:41:53 | 10.16 | 84.51 | 7.62 | 80.08 | 21.34 | 88.39 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | -4 | 54 | 0 | 0 | --28:11:14 | 27:54:10 | 19.68 | 84.23 | 16.82 | 79.87 | 19.98 | 88.39 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 36 | 19 | 0 | 0 | --14:27:47 | 22:49:24 | 19.99 | 83.85 | 14.25 | 80.20 | 12.33 | 88.63 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 55 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 4 | 46 | 0 | 0 | -14:10:21 | 27:36:40 | 18.59 | 82.82 | 14.69 | 78.72 | 18.61 | 87.37 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 3 | 48 | 0 | 0 | --27:05:38 | 26:54:40 | 29.72 | 84.78 | 26.95 | 80.28 | 29.76 | 88.76 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 0 | 50 | 0 | 0 | -21:16:47 | 27:43:12 | 16.31 | 83.17 | 12.71 | 79.05 | 19.11 | 88.39 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 18 | 34 | 0 | 0 | --24:36:41 | 26:11:55 | 32.61 | 81.70 | 26.16 | 78.21 | 45.13 | 88.76 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 26 | 26 | 0 | 0 | --23:58:01 | 24:47:00 | 39.29 | 80.55 | 31.15 | 77.12 | 54.76 | 88.68 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 48 | 6 | 0 | 0 | --16:48:39 | 17:59:59 | 42.52 | 76.83 | 34.37 | 76.06 | 17.25 | 99.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 46 | 9 | 0 | 0 | --17:47:28 | 19:42:19 | 33.14 | 76.30 | 26.57 | 74.64 | 57.45 | 92.33 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 18 | 33 | 0 | 0 | --24:09:55 | 26:37:55 | 35.74 | 81.88 | 28.42 | 78.01 | 49.20 | 89.77 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | -5 | 55 | 0 | 0 | -03:08:27 | 27:11:55 | 15.89 | 83.93 | 12.55 | 79.56 | 16.20 | 88.39 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 1 | 49 | 0 | 0 | -00:46:39 | 25:36:05 | 16.15 | 83.57 | 13.18 | 79.36 | 17.03 | 88.31 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 0 | 50 | 0 | 0 | --13:46:31 | 27:31:30 | -3.48 | 83.38 | -3.13 | 79.16 | -0.28 | 87.40 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | -5 | 55 | 0 | 0 | --7:43:44 | 27:11:55 | -2.95 | 83.93 | -2.70 | 79.56 | 0.83 | 88.39 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 25 | 30 | 0 | 0 | -35:35:19 | 24:44:42 | 0.00 | 86.20 | -0.32 | 81.62 | 0.44 | 87.16 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | -1 | 52 | 0 | 0 | --23:09:13 | 27:04:18 | 11.41 | 83.80 | 9.08 | 79.50 | 11.89 | 88.59 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 33 | 20 | 0 | 0 | --29:40:34 | 28:19:46 | 4.67 | 84.73 | 4.94 | 79.66 | 0.17 | 88.73 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |