The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
Server Name
|
Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
OpenComplex - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 100 | 46 | 8 | 0 | 0 | --70:58:49 | 69:02:06 | 1.12 | 82.89 | 3.00 | 78.85 | -8.03 | 84.85 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PaFold | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server101 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
HeliXonAI | 0 | 29 | 0 | 0 | -05:53:30 | 66:52:12 | -8.14 | 76.35 | -6.08 | 74.42 | -6.12 | 81.71 | - | - | - | - | server104 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RocketX | 0 | 29 | 0 | 0 | --35:40:02 | 66:52:12 | 21.40 | 76.35 | 15.45 | 74.42 | 30.97 | 81.71 | - | - | - | - | server106 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SADA | 0 | 29 | 0 | 0 | -10:00:05 | 66:52:12 | -8.26 | 76.35 | -6.30 | 74.42 | -7.11 | 81.71 | - | - | - | - | server112 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD7 | 5 | 28 | 0 | 0 | --41:08:28 | 68:03:27 | -5.37 | 76.19 | -3.60 | 74.24 | -6.88 | 84.41 | - | - | - | - | server113 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Robetta | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server11 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZJUT-DeepAssembly | 2 | 27 | 0 | 0 | -04:28:10 | 66:41:05 | -8.29 | 75.85 | -5.87 | 74.14 | -4.68 | 80.97 | - | - | - | - | server120 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MultiDFold | 15 | 22 | 0 | 0 | -15:43:32 | 64:58:33 | 16.29 | 73.37 | 7.46 | 72.20 | 8.99 | 75.33 | - | - | - | - | server121 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MEGA-EvoGen | 0 | 29 | 0 | 0 | --1:35:57 | 66:52:12 | -8.58 | 76.35 | -6.27 | 74.42 | -4.74 | 81.71 | - | - | - | - | server122 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AIRFold | 16 | 19 | 0 | 0 | --4:00:31 | 64:44:19 | -4.56 | 80.51 | -2.80 | 78.32 | -3.34 | 84.65 | - | - | - | - | server127 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phyre2 | 1 | 28 | 0 | 0 | --66:23:47 | 67:10:14 | 37.57 | 75.95 | 31.76 | 74.14 | 40.60 | 81.71 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RoseTTAFold | 4 | 28 | 0 | 0 | --56:02:40 | 68:09:26 | 6.45 | 75.88 | 4.74 | 74.09 | 20.28 | 81.71 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SWISS-MODEL | 1 | 29 | 0 | 0 | --68:58:23 | 67:07:10 | 27.29 | 76.35 | 24.14 | 74.42 | 35.06 | 81.71 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RaptorX | 41 | 12 | 0 | 0 | --64:19:20 | 72:57:51 | 10.75 | 65.63 | 7.33 | 66.89 | -4.97 | 71.42 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SPARKS-X | 60 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD3-TS | 9 | 25 | 0 | 0 | --23:04:55 | 65:46:57 | 24.48 | 76.77 | 19.00 | 74.60 | 24.15 | 78.57 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NaiveBLAST | 8 | 23 | 0 | 0 | --68:42:50 | 67:17:29 | 41.41 | 78.56 | 38.15 | 75.82 | 47.60 | 82.86 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD4-TS | 5 | 26 | 0 | 0 | --16:50:01 | 66:21:46 | 20.57 | 75.31 | 16.35 | 73.70 | 26.10 | 81.71 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO | 23 | 18 | 0 | 0 | --62:35:43 | 64:27:58 | 48.81 | 79.96 | 39.97 | 78.01 | 52.00 | 82.92 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_3D | 31 | 17 | 0 | 0 | --61:19:17 | 63:46:11 | 49.88 | 79.69 | 40.61 | 77.84 | 53.51 | 82.92 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_3D | 53 | 5 | 0 | 0 | --63:21:56 | 66:00:58 | 41.82 | 75.43 | 36.03 | 76.00 | 15.25 | 97.75 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_HHS_CL | 51 | 5 | 0 | 0 | --65:51:43 | 67:38:04 | 41.71 | 77.80 | 35.10 | 77.49 | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PRIMO_BST_CL | 23 | 19 | 0 | 0 | --61:11:48 | 63:50:31 | 49.30 | 80.51 | 40.09 | 78.32 | 54.16 | 84.65 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD5-TS | 0 | 29 | 0 | 0 | --36:12:32 | 66:52:12 | 19.87 | 76.35 | 15.78 | 74.42 | 20.59 | 81.71 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IntFOLD6-TS | 6 | 28 | 0 | 0 | --40:24:22 | 67:04:03 | 18.63 | 76.30 | 15.35 | 74.36 | 20.72 | 79.71 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_orig | 5 | 27 | 0 | 0 | --51:04:33 | 66:20:35 | -8.91 | 75.84 | -6.54 | 74.03 | -9.78 | 78.08 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pureAF2_notemp | 0 | 29 | 0 | 0 | --46:22:56 | 66:52:12 | -8.66 | 76.35 | -6.41 | 74.42 | -6.52 | 81.71 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ZlxFold | 30 | 16 | 0 | 0 | --13:19:48 | 73:00:13 | -13.00 | 68.71 | -9.99 | 68.80 | -18.84 | 73.82 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BestSingleStructuralTemplate | 4 | 27 | 0 | 0 | --63:32:00 | 66:55:07 | 16.15 | 76.67 | 12.98 | 74.86 | 19.49 | 81.71 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Naive AlphaFoldDB 90 | 38 | 10 | 0 | 0 | --66:52:38 | 65:07:42 | 4.25 | 82.28 | 5.96 | 78.94 | -7.90 | 84.85 | - | - | - | - | server99 | False |
Target
|
ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best |