2024-08-24_00000157|hard|8Y9C

De novo design mini-binder in complex with TcdB4; Electron microscopy 3.00Å
Protein #1 2375 residues (68% resolved)

MSLVNRKQLEKMANVRFRVQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDTYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLVTEILELKNSNLTPVEKNLHFIWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTIIESASNDTLESFRENLNDPEFNHTAFFRKRMQIIYDKQQNFINYYKAQKEENPDLIIDDIVKTYLSNEYSKDIDELNAYIEESLNKVTENSGNDVRNFEEFKTGEVFNLYEQELVERWNLAGASDILRVAILKNIGGVYLDVDMLPGIHPDLFKDINKPDSVKTAVDWEEMQLEAIMKYKEYIPEYTSKHFDTLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFLPLGDIEVSPLEVKVAFAKGSIINQALISAKDSYCSDLLIKQIQNRYKILNDTLGPIISQGNDFNTTMNNFGESLGAIANEENISFIAKIGSYLRVGFYPEANTTITLSGPTIYAGAYKDLLTFKEMSIDTSILSSELRNFEFPKVNISQATEQEKNSLWQFNEERAKIQFEEYKKNYFEGALGEDDNLDFSQNTVTDKEYLLEKISSSTKSSERGYVHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKNPYDSILFQKNIEDSEVAYYYNPTDSEIQEIDKYRIPDRISDRPKIKLTLIGHGKAEFNTDIFAGLDVDSLSSEIETIIDLAKADISPKSIEINLLGCNMFSYSVNVEETYPGKLLLRVKDKVSELMPSISQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKIIVKSKNLPELSTLLQEIRNNSNSSDIELEEKVMLAECEINVISNIETQVVEERIEEAKSLTSDSINYIKNEFKLIESISDALYDLKQQNELEESHFISFEDISKTDEGFSIRFIDKETGESIFVETEKAIFSEYANHITEEISKLKDTIFDTVNGKLVKKVTLDATHEVNTLNAAFFIQSLIGYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPVIATIIDGVSLGASIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTAATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELILRAEAKNVVDYFGHISLAESEGAFTLLDDKIMMPQDDLVISEIDFNNNSITLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSTTYREPYLSIYDVLDVKKEELDLSKDLMVLPNAPDRIFGWERGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDHYEGQFYWRFFAFIADSVITKLKPRYEDTNIRISLDSNTRSFIVPVITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMNINIELNENDTWVIDVDNVVRDVTIESDKIKKGDLIENILSKLSIEDNKIILDNHEINFSGTLNGGNGFVSLTFSILEGINAVIEVDLLSKSYKVLISGELKTLMANSNSVQQKIDYIGLNSELQKNIPYSFMDDEGKENGFINCFTKEGLFVSELSDVVLIIKVYMDNSKPPFGYYSNDLKDVKVITKDDVIILTGYYLKDDIKISLSFTIQDKNTIKLNGVYLDENGVAEILKFMNKKGSTNTSDSLMSFLESMNIKSIFIKSLKSNAKLILDTNFIISGTTSIGQFEFICDKDNNIQPYFIKFNTLETKYTLYVGNRQNMIVEPNYNLDDSGDISSTVINFSQKYLYGIDSCVNKVIISPNIYTDEINITPVHEANNTYPEVIVLDTNYISEKINININDLSIRYVWSNDGSDFILMSTDEENKVSQVKIRFTNVFKGNTISDKISFNFSDKQDISINKIISTFTPSYYVEGLLNYDLGLISLYNEKFYINNLGMMVSGLVYINDSLYYFKPPIKNLITGFTTIGDDKYYFNPDNGGAASVGETIIDGKNYYFSQNGVLQTGVFSTEDGFKYFAPADTLDENLEGEAIDFTGKLIIDENVYYFGDNYRAAIEWQTLDDEVYYFSTDTGRAFKGLNQIGDDKFYFNSDGIMQKGFVNINDKTFYFDDSGVMKSGYTEIDGKYFYFAENGEMQIGVFNTADGFKYFAHHDEDLGNEEGEALSYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWKDLEDGSKYYFDENTAEASIGISIINDGKYYFNDSGIMQIGFVTINNEVFYFSDSGIVESGMQNIDDNYFYISENGLVQIGVFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVNEDVYSFGESYTIETGWIYDSENESDKYYFDPETKKAYKGINVIDDIKYYFDENGIMRTGLITFEDNHYYFNEDGEMQYGYLNIEDKMFYFSEDGIMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGESINYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISEHHHHHHHH

MSLVNRKQLEKMANVRFRVQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDTYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLVTEILELKNSNLTPVEKNLHFIWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTIIESASNDTLESFRENLNDPEFNHTAFFRKRMQIIYDKQQNFINYYKAQKEENPDLIIDDIVKTYLSNEYSKDIDELNAYIEESLNKVTENSGNDVRNFEEFKTGEVFNLYEQELVERWNLAGASDILRVAILKNIGGVYLDVDMLPGIHPDLFKDINKPDSVKTAVDWEEMQLEAIMKYKEYIPEYTSKHFDTLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFLPLGDIEVSPLEVKVAFAKGSIINQALISAKDSYCSDLLIKQIQNRYKILNDTLGPIISQGNDFNTTMNNFGESLGAIANEENISFIAKIGSYLRVGFYPEANTTITLSGPTIYAGAYKDLLTFKEMSIDTSILSSELRNFEFPKVNISQATEQEKNSLWQFNEERAKIQFEEYKKNYFEGALGEDDNLDFSQNTVTDKEYLLEKISSSTKSSERGYVHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKNPYDSILFQKNIEDSEVAYYYNPTDSEIQEIDKYRIPDRISDRPKIKLTLIGHGKAEFNTDIFAGLDVDSLSSEIETIIDLAKADISPKSIEINLLGCNMFSYSVNVEETYPGKLLLRVKDKVSELMPSISQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKIIVKSKNLPELSTLLQEIRNNSNSSDIELEEKVMLAECEINVISNIETQVVEERIEEAKSLTSDSINYIKNEFKLIESISDALYDLKQQNELEESHFISFEDISKTDEGFSIRFIDKETGESIFVETEKAIFSEYANHITEEISKLKDTIFDTVNGKLVKKVTLDATHEVNTLNAAFFIQSLIGYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPVIATIIDGVSLGASIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTAATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELILRAEAKNVVDYFGHISLAESEGAFTLLDDKIMMPQDDLVISEIDFNNNSITLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSTTYREPYLSIYDVLDVKKEELDLSKDLMVLPNAPDRIFGWERGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDHYEGQFYWRFFAFIADSVITKLKPRYEDTNIRISLDSNTRSFIVPVITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMNINIELNENDTWVIDVDNVVRDVTIESDKIKKGDLIENILSKLSIEDNKIILDNHEINFSGTLNGGNGFVSLTFSILEGINAVIEVDLLSKSYKVLISGELKTLMANSNSVQQKIDYIGLNSELQKNIPYSFMDDEGKENGFINCFTKEGLFVSELSDVVLIIKVYMDNSKPPFGYYSNDLKDVKVITKDDVIILTGYYLKDDIKISLSFTIQDKNTIKLNGVYLDENGVAEILKFMNKKGSTNTSDSLMSFLESMNIKSIFIKSLKSNAKLILDTNFIISGTTSIGQFEFICDKDNNIQPYFIKFNTLETKYTLYVGNRQNMIVEPNYNLDDSGDISSTVINFSQKYLYGIDSCVNKVIISPNIYTDEINITPVHEANNTYPEVIVLDTNYISEKINININDLSIRYVWSNDGSDFILMSTDEENKVSQVKIRFTNVFKGNTISDKISFNFSDKQDISINKIISTFTPSYYVEGLLNYDLGLISLYNEKFYINNLGMMVSGLVYINDSLYYFKPPIKNLITGFTTIGDDKYYFNPDNGGAASVGETIIDGKNYYFSQNGVLQTGVFSTEDGFKYFAPADTLDENLEGEAIDFTGKLIIDENVYYFGDNYRAAIEWQTLDDEVYYFSTDTGRAFKGLNQIGDDKFYFNSDGIMQKGFVNINDKTFYFDDSGVMKSGYTEIDGKYFYFAENGEMQIGVFNTADGFKYFAHHDEDLGNEEGEALSYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWKDLEDGSKYYFDENTAEASIGISIINDGKYYFNDSGIMQIGFVTINNEVFYFSDSGIVESGMQNIDDNYFYISENGLVQIGVFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVNEDVYSFGESYTIETGWIYDSENESDKYYFDPETKKAYKGINVIDDIKYYFDENGIMRTGLITFEDNHYYFNEDGEMQYGYLNIEDKMFYFSEDGIMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGESINYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISEHHHHHHHH
Protein #2 65 residues (100% resolved)

NEEEKFKFFVWFLAIRAGVPEVEVRNDNGKFQVTVKGDTDAARLLTKEVKEVATFLGVDVDLQIR

NEEEKFKFFVWFLAIRAGVPEVEVRNDNGKFQVTVKGDTDAARLLTKEVKEVATFLGVDVDLQIR
Non polymer #3 ZN

InChI=1S/Zn/q+2

[Zn+2]
Download coordinates
Reference